Для агрохимического обслуживания колхозов и совхозов, решения задач химизации сельского хозяйства 9 апреля 1964 года Советом Министров СССР было принято Постановление № 319 «Об организации государственной агрохимической службы в сельском хозяйстве».

Во исполнение Постановления Совета Министров РСФСР от 20 мая 1964 года № 611 «Об организации государственной агрохимической службы в сельском хозяйстве» Исполнительным комитетом Краснодарского краевого Совета депутатов трудящихся 24 июня 1964 года было принято Решение № 350 «Об организации в крае трех зональных агрохимических лабораторий».

В 1965 году при Ленинградском опытном поле Краснодарского научно-исследовательского института сельского хозяйства была организована Ленинградская зональная агрохимическая лаборатория.

На основании Приказа Министерства сельского хозяйства РСФСР от 29 декабря 1977 года № 1442 Ленинградская зональная агрохимическая лаборатория была реорганизована в Северо-Кубанский филиал Краснодарской краевой проектно-изыскательской станции химизации сельского хозяйства.

Приказом Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации от 08 августа 1995 года № 225 «О переименовании проектно-изыскательских центров агрохимической службы, проектно-изыскательских станций агрохимической службы» учреждение было переименовано в государственную станцию агрохимической службы «Северо-Кубанская».